🐛 fix(mcp): 收口全部 MCP 响应 JSON 序列化

[ZhaoXingPeng]

关联 Issue

Closes #163

本 PR 收口全部 MCP 响应入口的共享 JSON 序列化，覆盖 AI、发现、可观测性、Schema 算法、质量配置和服务器错误封装。

背景（Situation）

PR #162 已为查询和原子代码生成响应引入共享序列化器，但其他 MCP 组合 payload 仍可能直接调用标准库 JSON。驱动值进入这些路径时，客户端可能拿不到结构化成功响应或错误 envelope。

任务（Task）

统一所有 MCP 响应入口的 JSON 编码，保持工具字段、文本、缩进和未知对象显式失败语义不变，并补齐跨模块嵌套驱动值回归证据。

行动（Action）

• 更新 database/ai_tools.py、discovery_tools.py、observability_tools.py、schema_algorithms_tools.py、standards_tools.py 和 server/mcp_server.py。
• 统一使用 utils.json_serialization.dumps，保留 Decimal、日期时间、UUID、二进制和 timedelta 编码规则。
• 增加 AI、发现、可观测性等嵌套 Decimal 回归测试。
• 没有做：未修改 LLM 外部请求体、工具输入 schema、公共响应字段或数据库访问逻辑。

验证（Verification）

环境：Windows；Python 3.12.12；pytest 9.1.1；Ruff。

• 单元测试：686 passed in 12.09s。
• Ruff check：All checks passed。
• 修改文件格式检查：6 files already formatted。
• git diff --check：无输出。
• 未连接真实数据库，未运行 Java/Maven。

实验与证据（Evidence）

固定在 AI、发现、可观测性等嵌套响应中注入 Decimal 1.25、0.875、2.5 和 3.75，回归测试确认共享序列化器输出可追踪 JSON。工具名称、字段结构和文本快照保持不变；未知对象继续进入显式 TypeError 路径。

兼容性、风险与回滚

公共 MCP 工具名、输入 schema、响应字段和人类可读文本保持不变。新工具若绕过共享序列化器仍可能复现问题，应单独修复；本 PR 不宣称性能收益，不涉及数据迁移。恢复提交 fc7732d 可回滚。后续在最终 main 基线复核依赖链，并继续清理开放串联 PR。

[ZhaoXingPeng]

实现完成（2026-09-09）

当前结论

已完成 Issue #163 的实现：MCP server 内所有面向客户端的 JSON 响应入口均收口到共享 utils.json_serialization.dumps。本提交依赖 PR #162 提供的驱动值编码合同，当前分支只新增本主题一个提交。

变更与设计取舍

• 提交：fc7732d
• 修改 AI、工具发现、可观测性、Schema 算法、质量配置和服务器错误响应模块；保留字段结构、中文文本、缩进和错误 envelope。
• 共享序列化器继续编码 Decimal、日期时间、UUID、bytes/bytearray/memoryview 和 timedelta；未知对象继续抛 TypeError，避免静默转成不可追踪文本。
• LLM SDK 请求体与日志序列化明确留在本主题之外；它们分别属于外部 API 和日志合同，不应随 MCP 响应实现一起改变。
• 未新增 ADR：这是既有序列化器在同一 MCP 边界的实现覆盖，不改变模块边界或公共协议。

验证与证据

• ruff check src/ tests/ scripts/：All checks passed!
• ruff format --check（本次受 changed-file gate 约束的 Python 文件）：6 files already formatted
• 新增 tests/unit/test_mcp_json_boundary.py，将嵌套 Decimal 注入 AI 推荐、工具发现和 server metrics payload，验证输出仍是可解析 JSON 且保留精确字符串值。

兼容性与下一步

• 当前 PR base 为 fix/161-shared-json-serialization，对应 PR 🐛 fix(mcp): 统一跨工具驱动值 JSON 序列化 #162；待其合并后再将本 PR 以 main 为最终基线复核。
• uv.lock 是用户未跟踪文件，未加入提交。
• 尚未查询 CI，遵循约束在准备 squash merge 前只检查一次 required checks。

[ZhaoXingPeng]

验证完成（2026-09-09）

当前结论

本地验证已完成，686 个单元测试全部通过；新增跨模块驱动值回归通过。结果证明本次改动没有破坏现有工具响应合同，并覆盖了此前直接 json.dumps 路径无法处理的嵌套非基础值。

变更与设计取舍

• 提交：fc7732d
• 测试输入：AI 推荐 payload 含 Decimal("1.25") 与 Decimal("0.875")；发现结果含 Decimal("2.5")；server metrics 含 Decimal("3.75")。
• 预期与实际：这些值经共享编码器输出为精确十进制字符串，json.loads 可正常解析；未知类型行为仍由共享 default 显式报错。
• 没有运行真实 MySQL/PostgreSQL 或性能实验：本次只改 MCP 响应编码，不宣称数据库方言或吞吐收益。

验证与证据

• 环境：Windows，.venv Python 3.12.12，pytest 9.1.1。
• python -m pytest tests/unit/ -q：686 passed in 12.09s。
• ruff check src/ tests/ scripts/：All checks passed!。
• ruff format --check（6 个变更文件）：6 files already formatted。
• git diff --check：无输出。
• 原始测试报告由命令直接输出；未查询 CI，因用户要求只在准备合并前检查一次。

兼容性与下一步

• 公共工具名、输入 schema、字段名和文本格式保持不变；回滚提交为 fc7732d。
• 合并顺序：先合并 PR 🐛 fix(mcp): 统一跨工具驱动值 JSON 序列化 #162，再以 main 为基线对本 PR 做一次 required checks 检查并 squash merge。
• 若后续新增 MCP 工具绕过共享编码器，另开 Issue 追踪，不在本 PR 追加提交。